防城港市就其历史沿革而言，是从防城、上思两县演变而来的，至少新石器时代就有人类在这里活动。

    防城：先秦时期，这一带属于百越（粤）地的荆州南境，秦始皇统一岭南后，归秦置之象郡所辖；汉至东晋为合浦郡合浦县地（三国期间为吴国辖地）；南朝宋、齐时为宋寿郡宋寿县地，属交州管辖；梁、陈时为宋京郡安京县地，属安州管辖；隋唐时为钦州辖地。宋时仍隶属钦州管辖，并开始有“防城”之称。元、明、清时隶属钦州或廉州；至清朝光绪十四年（公元1888年）划出钦州西部设置防城县，隶属广东省。民国时期至解放初（1951年2月），仍属广东省辖。1951年3月至1955年6月划入广西省。1955年7月至1965年7月复归广东省，期间，1957年将防城县划分为十万大山僮族瑶族自治县、防城县；1958年5月， 经国务院批准，十万大山僮族瑶族自治县更名东兴各族自治县，1958年12月，防城县、东兴各族自治县合并后，称东兴各族自治县，县城设在东兴镇。1965年8月至今再划入广西，属钦州专区，1978年11月，经国务院批准，县城从东兴镇迁到防城镇，县名改为防城各族自治县。

    上思：春秋战国时期属百越（粤）地；秦时属象郡；汉初西汉时属于合浦郡；东汉至三国属郁林、合浦二郡地；晋时属晋兴郡地；隋时曾一度置镇守，不久复属郁林郡地。到了天宝初年在今上思境内东北部设羁縻上思州，“上思”的名称从此使用。元改羁縻上思州为上思州，隶属广西两江道宣慰司左江思明路，明弘治十八年（1505年），改属南宁府。解放后，仍称为上思县，1950年分别隶属宾阳专区和南宁专区，1951年属龙州专区，1952年7月划属钦州专区，1953年12月又划归桂西壮族自治州的邕宁专区，1958年12月，归属南宁专区，1965年8月属钦州地区。

    1984年4月，国务院批准防城港与北海市等一起列为全国14个沿海开放城市。1985年3月，中共广西区委、区人民政府决定设立地级编制的防城港区，直接由自治区领导；1993年5月，撤销防城港区，设立防城港市（地级），辖港口区、防城区（原防城县，含东兴经济开发区，1996年，东兴经济开发区改设为县级东兴市）、上思县和东兴市。