机构设置

• 自治区人民政府办公厅

政府工作部门

• 防城港市人民政府办公室
• 防城港市发展和改革委员会
• 防城港市教育局
• 防城港市科学技术局
• 防城港市工业和信息化局
• 防城港市民族宗教事务委员会
• 防城港市公安局
• 防城港市民政局
• 防城港市司法局
• 防城港市财政局
• 防城港市人力资源和社会保障局
• 防城港市自然资源局
• 防城港市生态环境局
• 防城港市住房和城乡建设局
• 防城港市交通运输局
• 防城港市水利局
• 防城港市农业农村局
• 防城港市商务局
• 防城港市文化广电体育和旅游局
• 防城港市卫生健康委员会
• 防城港市退役军人事务局
• 防城港市应急管理局
• 防城港市审计局
• 防城港市外事办公室
• 防城港市市场监督管理局
• 防城港市统计局
• 防城港市大数据和行政审批局
• 防城港市医疗保障局
• 防城港市林业局
• 防城港市海洋局
• 防城港市人民政府国有资产监督管理委员会

政府派出机构

• 防城港市产业园区改革发展办公室
• 防城港国际医学开放试验区工作办公室（高新区管委）

政府管理事业单位

• 防城港市投资促进局
• 防城港市土地征收储备中心
• 防城港市机关后勤服务中心
• 防城港市住房公积金管理中心
• 防城港市供销合作社联合社
• 防城港市检验检测中心

各县区人民政府

• 上思县人民政府
• 东兴市人民政府
• 港口区人民政府
• 防城区人民政府

公共企事业单位

• 防城港市总工会
• 防城港市气象局
• 防城港市第一人民医院
• 防城港市中医医院
• 防城港市妇幼保健院